产业学院实行理事会领导下的院长负责制，设置理事会、专家指导委员会，形成共建共管的组织架构。

理事会：负责审定产业学院的发展规划、年度工作计划、财务预算决算、工作绩效情况以及学院领导成员的聘任等重大事项。理事会成员由政企校三方组成，共7名理事，潍坊科技学院委派3人，潍柴委派3人，潍坊市教育局委派1人，理事长由潍坊科技学院副校长担任。

   产业学院设院长1人，由潍坊科技学院智能制造学院院长担任，设副院长2人（学校1人，企业1人），下设综合办公室、产教融合教研室、学生工作办公室，分别负责管理、教学、学生工作。

    专家指导委员会：主要负责对产业学院的发展规划、人才培养、教学研究、科学研究等提供支持和咨询。专家指导委员会由高校知名专家、企业高级技术人才和省部级以上工匠人才组成，潍坊科技学院新材料研究院院长、博士生导师李强教授担任主任，山东省突贡专家、齐鲁工匠、鸢都学者、全国行业协会理事、教学名师等为委员。专家指导委员会原则上每学期召开1次会议，临时会议可根据工作需要由委员会主任决定召开。